Selections of data preprocessing methods and similarity metrics for gene cluster analysis

Clustering is one of the major exploratory techniques for gene expression data analysis. Only with suitable similarity metrics and when datasets are properly preprocessed, can results of high quality be obtained in cluster analysis. In this study, gene expression datasets with external evaluation criteria were preprocessed as normalization by line, normalization by column or logarithm transformation by base-2, and were subsequently clustered by hierarchical clustering, k-means clustering and self-organizing maps (SOMs) with Pearson correlation coefficient or Euclidean distance as similarity metric. Finally, the quality of clusters was evaluated by adjusted Rand index. The results illustrate that k-means clustering and SOMs have distinct advantages over hierarchical clustering in gene clustering, and SOMs are a bit better than k-means when randomly initialized. It also shows that hierarchical clustering prefers Pearson correlation coefficient as similarity metric and dataset normalized by line. Meanwhile, k-means clustering and SOMs can produce better clusters with Euclidean distance and logarithm transformed datasets. These results will afford valuable reference to the implementation of gene expression cluster analysis.     

两种表达自由及其法律保障——《表达自由的法律限度》之解读与启示

表达自由作为公民的基本权利在现代社会日益占据重要的地位,区分具有公共性质和私人性质的表达自由并施以不同的法律保护意义重大,前者因其关涉国家和公共利益尤其需要制度宽容和制度保障,由此给我们带来诸多现实的思考与启示。     

大肠杆菌K12碱性磷酸酶基因的克隆表达

大肠杆菌碱性磷酸酶是同二聚体金属酶，被phoA基因编码．采用PCR方法从大肠杆菌K12中扩增到碱性磷酸酶基因（phoA）．用限制性内切酶BamHI和HindⅢ将片段插入克隆载体pETBlue-2．该基因被重组、转化后在大肠杆菌中经IPTG诱导表达，而后进行SDS-PAGE检测及紫外吸收分析测OD410．克隆得到了phoA基因并实现了蛋白表达，碱性磷酸酶的活性提高了18，3倍，为进行组织化学、免疫印迹、突变分析等工作打下了坚实的基础．     

CTLA4Ig真核表达质粒及穿梭质粒的构建

以表达人CTLA4Ig(hCTLA4Ig)的原核质粒为基础,采用限制性DNA内切酶,DNA连接酶等基因重组技术,构建了能表达该蛋白的真核质粒,ELISA法检出了受转染的真核细胞培养上清液中的蛋白表达.在此基础上构建了含hCTLA4Ig的穿梭质粒.     

植物基因的化学诱导表达系统研究进展

激活基因表达或使基因表达失活的化学诱导系统在确定基因功能及植物生物技术中有许多潜在的应用。基因表达的精确调控是化学诱导系统的重要方面。综述了植物基因的化学诱导表达系统的种类以及最新应用,并对其发展趋势进行了展望。     

白藜芦醇合酶基因的克隆及对毕赤酵母的转化

目的建立白藜芦醇合酶基因的毕赤酵母表达系统。方法通过PCR、限制性内切酶消化、连接、电激等方法,构建表达载体,转化毕赤酵母GS115。结果从葡萄基因组DNA中扩增得到了 1 200 bp目的基因,并克隆至pBS-T栽体;成功构建了表达载体pPIC3．5K／RS;目的基因成功整合进毕赤酵母GS115基因组中。测序及PCR鉴定证明,白藜芦醇合酶基因的毕赤酵母表达系统建立成功。结论所得方法无需高质量的RNA,从而降低了试验条件,达到了快速简便的目的。     

枯草芽孢杆菌B10木聚糖酶基因的分子生物学

从腐烂苎麻周围土壤中经过初筛和复筛得到具有脱胶能力的枯草芽孢杆菌菌株B10。采用PCR方法对B10的木聚糖酶基因进行克隆．在木聚糖选择平板上用刚果红染色法筛选出阳性克隆，对阳性克隆的重组质粒进行鉴定和测序．结果表明，该木聚糖酶基因全长642个碱基，编码214个氨基酸。与已报道的来自枯草芽孢杆菌木聚糖酶的基因只有2个碱基的差别．该基因在大肠杆菌中表达。过夜培养物中胞外、胞内和胞质间的酶活分布分别为22．7％，28．2％和49．1％．该木聚糖酶的最适作用pH值为6，最适作用温度为50℃。具有较宽pH范围和较好热稳定性。     

褪黑激素受体MeIla在无蹼壁虎视网膜的空间差异性表达

为探讨褪黑激素对视网膜功能的调节机制,本实验运用免疫组织化学方法(ABC法)观察了褪黑激素受体Mel1a在无蹼壁虎视网膜的表达与分布.发现褪黑激素受体Mel1a免疫阳性结果主要位于光感受器细胞层的内节和内网状层的细胞突起.在外网状层、内核层和神经节细胞层,部分细胞的胞体或突起Mel1a免疫染色呈阳性.统计表明,视网膜中央区光感受器层阳性内节线密度(3.3532±0.6941/mm)较周边区(颞或鼻侧)(21.0186±1.5023/mm)明显小(P＜0.001);光感受器细胞阳性内节面积占内节总面积的百分率中央区(15.8579±2.2908%)较周边区(43.8575±5.3839%)明显低(P＜0.001).褪黑激素受体Mel1a在无蹼壁虎视网膜的分布特点,提示褪黑激素可能通过Mel1a的介导对无蹼壁虎视网膜生理功能的调节不同区域存在差异性.     

基于APDL语言的结构优化设计

以三杆桁架为例,介绍了运用APDL（Ansys Parameter Design Language）语言进行参数化建模及结构优化设计的过程,得出了参数的优化结果.该优化过程表明,运用APDL进行优化设计的方法避免了大量的重复有限元建模和前后处理操作,明显提高了产品的设计效率.     

小鼠脂多糖应答蛋白mlrpS的载体构建及融合蛋白表达

为构建小鼠mlrpS-cDNA基因原核、真核表达载体，大肠杆菌表达其融合蛋白。采用反转录-聚合酶链反应从经脂多糖刺激的鼠NIH3T3细胞cDNA中，扩增出编码mlrpS的cDNA。用限制性内切酶KpnⅠand XhoⅠ消化后，插入原核表达载体pTAT中，经酶切鉴定与测序证实后，转化大肠杆菌BL21（DE3）菌株。异丙基β—D硫代半乳糖苷（IPTG）诱导产生融合蛋白。经KpnⅠ和XhoⅠ酶切回收mlrpS-cDNA，插入pcDNA3．1载体中；pcDNA3．1-mlrpS再经KpnⅠ和ApaⅠ酶切后，插入到pEGFP—c1载体上，构建pEGFP-mlrpS融合的真核表达载体。构建mlrpS表达载体经测序证实，与GenBank登录的序列完全一致；双酶切鉴定证实，克隆基因正确插入载体pEGFP及pTAT；SDS—PAGE证实融合蛋白表达成功。说明：成功地构建了mlrpS原核、真核表达载体，成功正确表达了6His／mlrpS融合蛋白。